隐私问题
随着RFID逐渐广泛使用，隐私问题越来越得到人们的关注．很多企业在使用RFID标签追踪商品流向的同时，也在无意中泄漏了顾客隐私．因为在购买物品时他们的身份已经与物品链接，一旦再次通过某些商场或中心时，自己的身份就有可能被嵌入在服装或随身物品上的RFID标签泄漏．像RFID标签这种基于无线传输技术的产品存在一个与生俱来的缺点，那就是它通过不可见的无线信道进行信息交换，因此很难判断标签在什么时候向外发送信息．如果很多商品上都贴有RFID标签，从商店的角度来说，管理商品很方便，不管是分类还是快速收费或防止盗窃都很容易．但一旦商品出售后，若附在上面的RFID标签没有去掉，买主的身份就很容易被泄漏．为了解决上述问题，EPCglobal公司提出了一个方案，采用“kill switches”技术，可以在贴有RFID标签的物品完成交易后，通过激活开关，将标签置人死锁状态，那么标签就不再向外发送信号．同样，RSA公司也开发了一种阻塞器标签(bloking tag)，它利用了EPCglobal公司提出的防碰撞协议．实际上，很多因为RFID标签所涉及到的隐私问题都是可以解决的．由于现有RFID识别技术的限制，标签的识别距离还十分有限，要做到在远离某人视距范围的汽车或大楼中通过读写器来读取某人的标签信息基本上是不可能的．并且，微弱射频信号在障碍物的阻挡下也会使读写器无法识别，因此，RFID技术应该是安全的．但在有些情况下，如在通过门禁系统或付费系统时，用户的个人信息及相关信息都有可能泄漏．随着天线技术和IC技术的发展，远距离识别终会成为现实，建立一种能有效保护隐私的机制是必不可少的．
安全性问题
安全性是另一个倍受使用者关注的问题．例如，一些公司采用RFID技术对货物的供应链进行管理，其他竞争对手能通过货物上的标签追踪到货物的行踪及货物种类．同样，一些带有与用户金融信息有关的设备如果使用了RFID标签，那么与用户帐户相关的信息也应该得到保护．为此，研究人员提出了一些加密算法，用于标签对读写器实现身份认证，只对通过身份认证的读写器传送信息．在认证过程中，标签需要记录通过认证的读写器的ID号，读写器也应以广播的形式向标签发送ID号，为了保证自身ID号不被其他攻击者截获，读写器与标签之间必须实现加密传送．一旦标签对读写器的认证没有通过，标签将拒绝传送所存储的信息．但是，这种带密钥的认证策略同样会受到中间人扮演攻击、重放攻击等方式的攻击．
RFID融合问题
RFID技术面临的另一个问题是如何将RFID技术融合到现有系统中．很多研发部门都希望通过RFID中间件解决这个问题，通过中间件提供的接口，将RFID系统与已有的后端系统相连．中间件能解决现有标准不统一带来的问题．利用中间件，可将前端读写器收到的数据转换成满足后端设备要求的数据格式，这样就能为用户带来很大的灵活性．